¿Puede la Administración Tributaria comprobar las bases imponibles negativas procedentes de ejercicios prescritos?

Una de las dudas que más se plantean en el ámbito fiscal es saber si la Administración Tributaria puede comprobar las bases imponibles negativas generadas en ejercicios ya prescritos cuando comprueba los ejercicios no prescritos en los que se han ido compensando o aplicando -sucedería lo mismo con cuotas o deducciones pendientes de aplicación-.

El artículo 70 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria señala que la obligación de justificar la procedencia de los datos que tengan su origen en operaciones realizadas en períodos impositivos prescritos  se mantendrá durante el plazo de la prescripción del derecho para determinar las deudas tributarias afectadas por la operación correspondiente. Del mismo modo, y completando lo anterior, el artículo 106.5 de la misma Ley establece que en aquellos supuestos en que las bases imponibles negativas pendientes de compensación tuviesen su origen en ejercicios prescritos, la procedencia y cuantía de las mismas deberá acreditarse mediante la exhibición de las liquidaciones o autoliquidaciones en que se incluyeron la contabilidad y los oportunos soportes documentales. Vemos como este último artículo utiliza el término “acreditar”,tanto de la “procedencia” como su “cuantía”. Sin embargo, la duda que se plantea con tal normativa es saber si basta con acreditar dicha procedencia y cuantía (mediante la exhibición de las autoliquidaciones correspondientes y la contabilidad), o por el contrario, la Administración Tributaria poder ir más allá, es decir, si puede regularizar dichas bases imponibles negativas procedentes de ejercicios prescritos y que afectan a ejercicios no prescritos objeto de comprobación.

Según Resolución 819/2009 del Tribunal Económico – Administrativo Central de fecha 23 de noviembre de 2010 el instituto de la prescripción regulado en la LGT no establece la prescripción del derecho de la Administración a la investigación o comprobación de pruebas originadas en años anteriores que están prescritos, o de valoraciones efectuadas en los mismos, o de valores consignados en declaraciones de ejercicios prescritos, si de ellos se derivan consecuencias tributarias a tener en cuenta en ejercicios en que no ha prescrito la acción comprobadora y liquidadora. Es decir, si bien la Administración Tributaria no puede liquidar los ejercicios respecto de los cuales se ha ganado la prescripción, si puede y debe comprobar en los ejercicios no prescritos todos los importes y conceptos recogidos en las declaraciones correspondientes a los mismos, provengan del ejercicio que provengan, en cuanto han sido tenidos en cuenta para determinar el resultado de los mismos. En este mismo sentido, el Tribunal Supremo en sentencia de fecha 20.09.2012 concluye que la carga de la prueba corresponde al obligado tributario, y que las facultades de comprobación de la inspección “no prescriben”.

Sin embargo, también es posible encontrar otros pronunciamientos que limitan la potestad de la Administración Tributara a la hora de comprobar dichas bases imponibles negativas pendientes de aplicación procedentes de ejercicios prescritos. En este sentido, la Audiencia Nacional en Sentencia de fecha 24 de mayo de 2012 señala que la Administración sólo puede efectuar la constatación de la existencia del crédito y de la correlación entre la cuantía o suma compensada en el ejercicio no prescrito y la que se generó en el período prescrito. Las conclusiones a la que llega la Audiencia Nacional se resume en:

1. La tesis contraria altera absoluta y sustancialmente el régimen jurídico de la prescripción, institución vinculada a un principio esencial que debe presidir las relaciones jurídicas: el de seguridad jurídica.
2. La facultad de la Inspección en relación con ejercicios prescritos debe ceñirse a comprobar la existencia de la base imponible cuya compensación se pretende y su importe. Si no existiese o su importe fuese inferior al compensado, la Inspección puede regularizar el ejercicio no prescrito comprobado.
3. Si las facultades de comprobación pudieran eludir el plazo de prescripción, la Administración estaría en una clara situación de privilegio respecto del contribuyente, ya que el mismo no podría corregir los errores de declaraciones correspondientes a ejercicios prescritos, aunque dichos errores pudieran proyectarse a los créditos compensables en el futuro.

En definitiva, la Administración Tributaria puede comprobar las bases imponibles negativas pendientes de aplicación procedentes de ejercicios prescritos y que afectan a ejercicios no prescritos conforme a la anterior normativa, existiendo pronunciamientos que conceden una facultad plena a tal actividad de comprobación pero existiendo también otros pronunciamientos que vienen a limitarla.